В 1929 г была построена семилетняя ШКМ (школой колхозной молодёжи), которая в дальнейшем стала Петропавловской средней школой. В 1964 году была возведена пристройка к школе, новые классные аудитории разместили большее количество учеников, была построена мастерская и спортзал. В 1973 году школа была реорганизована в 8-летнюю.
20.05.1997. года Петропавловская неполная средняя школа переименована в Муниципальное образовательное учреждение Петропавловскую основную общеобразовательную школуОснование: Приказ по школе №23/1от 20.05.97.30.06.2004. года Муниципальное образовательное учреждение Петропавловская основная общеобразовательная школа переименована в государственное общеобразовательное учреждение Петропавловскую основную общеобразовательную школуОснование: Постановление главы администрации района № 5 от 30.01.20424.11.2005. года Государственное общеобразовательное учреждение Петропавловская основная общеобразовательная школа переименована в муниципальное общеобразовательное учреждение Петропавловскую основную общеобразовательную школу.Основание: Приказ по школе № 21 от 24. 11. 2005 года09.01.2012.года Муниципальное общеобразовательное учреждение Петропавловская основная общеобразовательная школа переименована в муниципальное казенное общеобразовательное учреждение Краснозерского района Новосибирской области Петропавловская основная общеобразовательная школа Основание: Приказ по школе № 1/1-к от 09.01.2012 года